La dura época posterior a la Guerra Civil golpeó a la población, y la necesidad de superar los daños y las carencias provocadas por la batalla los animó (sobre todo a la juventud) a afrontar el futuro con esperanza e ilusión. En ese contexto, en 1944 nació el Mutriku Futbol Taldea bajo el nombre de Club Deportivo Motrico. Fue una iniciativa de varios aficionados, entre ellos, José María Arrieta y Fermín Galarraga. Pero también se involucró el que diera comienzo al fútbol organizado de Mutriku, el sacerdote José Antonio Ezeiza, cuya dirección fue la piedra angular de todo este proceso. La primera reunión se celebró en el Ayuntamiento el 30 de junio de aquel año. Fue con el alcalde Fernando Uranga cuando se decidió formalmente constituir la asociación y la primera Junta Directiva.
Entonces comenzaron a formar el primer equipo y el 24 de septiembre debutaron en Elgoibar, concretamente en Lerún, ante el Eibar. El partido finalizó en empate a uno y el primer gol de la historia del equipo lo marcó el mutrikuarra Nicolás Arrizabalaga. Los partidos en casa del primer año se jugaron en Zarautz, ya que en la localidad no había terrenos habilitados para poder jugar esos partidos. Aun así, nada más formarse el equipo comenzaron las tareas de gestión para conseguir el campo, y las obras comenzaron ese mismo año. José Antonio Ezeiza fue el principal promotor de la construcción del campo de fútbol de San Miguel y el 29 de abril de 1945 se disputó el primer partido del Club Deportivo Motrico. La Banda de Música amenizó el estreno y el propio Ezeiza lo bendijo, siendo Miren Ansorregui madrina. Al principio no era más que un pedazo de terreno lleno de tierra y hierba natural. Fue más adelante, en 2009, cuando el campo tuvo hierba artificial.
Casualidades de la vida, el primer partido jugado en la localidad fue contra el primer rival. Para los mutrikuarras fue un partido tremendo, porque el equipo formado por Delfín, Busto II, Galdona, Mugerza, José Ángel, Matías, Busto I, Jon, Solaegi, Treku y Aristondo derrotó a los eibarreses, dejando el marcador por 3-2. Pusieron fin a la temporada con un cuarto puesto, lo que les permitió lograr el ascenso a la primera división de la liga regional, sin descender hasta la actualidad.
Desde la fundación del Club Deportivo Motrico en 1944 se han fichado veteranos de otras localidades. En 1948 el presidente Asua tuvo la idea de formar un grupo con jóvenes del pueblo y así se creó el grupo Burumendi, dirigido y patrocinado por el Club Deportivo Motrico. El equipo entró en la segunda categoría de Regional, pero a pesar de los buenos resultados se quedaron fuera de la competición oficial. Comenzaron a participar en torneos no federados bajo el nombre de River Plate en diferentes localidades, como Soraluze y Zumaia. En 1951 se federó y comenzó a participar en competiciones oficiales.
En la temporada 1954-55 la federación creó la categoría de juvenil, acorde con el espíritu de Burumendi. El primer presidente del equipo fue Fernando Gabilondo. Durante la temporada 1959-60 el mutrikuarra Dioni Urresti fue el máximo goleador de la categoría, y después fichó por la Real Sociedad. En la temporada 1961-62 C.D. Motrico desapareció de la competición y en su lugar aparecieron dos equipos con el nombre de Burumendi, uno en la categoría juvenil y otro en la regional preferente sustituyendo al C.D. Motrico.
Pasaron años para cuando por fin, en la temporada 1956-57, empezaron a jugar en la liga regional con el C.D. Motrico. El primer partido se disputó ante el Tolosa, en el campo de Atotxa. El gol marcado por Panizo no fue suficiente para hacer frente a los dos goles de sus rivales. Panizo, además de jugador, ejerció como entrenador del equipo formado por los otros diez chicos. En 1959, tras dos temporadas desde que empezaron a jugar en categoría regional, el Mutriku llegó a la final. El partido, ante el Vitoria, se jugó en Mendizorroza, y perdieron 3-1, con el único gol marcado por Arrieta.
En la temporada 1959-1960, el tercer año, los chicos que volvieron a llegar a la gran final se enfrentaron al Touring de Errenteria en Atotxa, pero perdieron el partido. En 1961-62 hubo una crisis en la dirección, por la que se tomó la decisión de no competir en la Liga, aunque otro equipo local jugó con el nombre de Burumendi. 1963-64 se recuerda como uno de los mejores años de la historia del club. El club llegó a la final y se enfrentó contra el Alavés en Atotxa. Nunca se olvidará la acogida que el grupo tuvo el 24 de mayo de aquel año al llegar a la localidad. Además de lograr el ascenso, batió el récord de goles, ya que en los partidos disputados en la Liga anotaron 105. El entrenador que llevó al equipo a Tercera División fue Alberto Zapirain y lideró el equipo durante tres temporadas más. En total, el Mutriku permaneció durante seis temporadas en esa división. En la temporada 1969-70 descendió a la liga Preferente.
Nacido en la casa Luardon de Barrenkale en 1916, Juan Jose Egia «Rubio» ha sido una referencia de respeto y cariño para el Mutriku Futbol Taldea. Fue un gran hombre que desde la puesta en marcha del campo de fútbol de San Miguel hizo un trabajo silencioso, humilde y honesto. Fue vigilante del campo, encargado de las cajetas, masajista y responsable de todo el material y la ropa.
El sacerdote Juan Manuel Basurko dio sus primeros pasos en el equipo de fútbol de la localidad. En 1969, sin embargo, viajó a Ecuador para una misión evangélica. También jugó al fútbol en Sudamérica, y un club profesional del país le fichó con permiso de la Iglesia. En 1971 fichó por el Barcelona Sporting Club. Debutó en la Copa Libertadores de América, donde marcó el primer gol en el partido contra el Emelec de Ecuador. Después llegó el partido contra el Estudiantes de la Plata de Argentina, que en ese momento se le consideraba como uno de los mejores equipos internacionales. Esta vez el gol volvió a ser cosecha suya y derrotaron a los argentinos. Fue una gran victoria para los ecuatorianos, conocida como «Hazaña de la Plata».
Varios de los integrantes del Mutriku Futbol Taldea han llegado a la liga profesional. El mutrikuarra Sabino Andonegui fue el primero en jugar en esa categoría cuando fichó por el Racing Club de Ferrol en 1951 y posteriormente jugó en el Osasuna, el Sabadell y el Tudelano. También han pasado por el club de fútbol Real Sociedad varios jugadores de la cantera del Mutriku Futbol Taldea, entre ellos Dioni Urreizti, José Luis Lema y José Ramón Txoperena. El mutrikuarra Xabier Eizagirre también jugó en la Real Sociedad B y en el Eibar, entre otros equipos.
Por su parte, los primeros pasos que dio en el fútbol el mutrikuarra Asier Illarramendi, destacado en los últimos años, fueron en Mutriku. Actualmente es centrocampista de la Real Sociedad y perteneció al Real Madrid entre 2013 y 2015. También ha jugado con la selección de Euskal Herria y con la selección nacional española. Jagoba Arrasate ha sido entrenador de la Real Sociedad y actualmente entrena al Osasuna. Su madre y su padre eran mutrikuarras y de niño comenzó a jugar partidos de fútbol con el equipo de Mutriku en la playa de Deba.
Mutriku Futbol Taldea ha competido durante seis años en Badour y Hautragen contra equipos internacionales.
1976: En la UEFA Youth League el Mutriku F.T. llegó por primera vez a las semifinales de Baudour ante el alemán Bochum.
1977: Año de la victoria, derrotando al campeón polaco Stal Mielec.
1978: A pesar de marcar dos goles en la portería del belga K.S.V. Wareg, el árbitro los anuló. Los mutrikuarras, enfadados, decidieron no volver más. En 1981 volvieron a ser invitados para jugar el torneo de campeones de años anteriores, pero el equipo mantuvo su negativa.
1982: Ganaron la final que se disputó en Hautrage, compitiendo contra el polaco Roda.
1983: Ese año vencen al equipo de Hautrage.
1984: Fue el último año en el que participaron y se proclamaron campeones de la final tras enfrentarse al Roma.
Todos los jugadores, entrenadores y directivos de los primeros años fueron hombres. Eso fue hasta 1975, año en el que las primeras mujeres comenzaron a colaborar con la Junta Directiva, como Josebe Illaramendi, Elena Altuna y Nieves Basurko. En 1995 se nombró secretaria por primera vez a una mujer, Josefina Lekube, y con ella se unió a la comisión Begoña Arrasate. El primer grupo de mujeres fue creado en 1998. Un grupo de mujeres participaba en el campeonato playero de Deba y Eugenio Sanabria propuso federar a aquel equipo. Siendo entrenador el propio Sanabria, comenzaron a jugar en la categoría senior en una época en la que escaseaban los equipos federados femeninos a nivel regional. Pocos años después, en 2000, tuvieron la oportunidad de jugar a nivel nacional. En 2003 el equipo femenino mutrikuarra fue invitado a jugar en el Torneo Internacional Femenino que se disputaba en Cognatik, Francia. Aquel año se proclamaron subcampeonas y al año siguiente ganaron el campeonato. Desde entonces han ido varios años a jugar el campeonato.
A continuación, en la temporada 2002-2003, las dos entrenadoras del Mutriku Futbol Taldea fueron mujeres, Amaia Elosegi y Edurne Burgoa. Posteriormente, en la temporada 2018-2019, se creó el primer equipo juvenil femenino de Mutriku en la categoría cadete. Destaca también la figura de la portera profesional Maialen Naberan «Mutri», fichada en 2017 por el Deportivo Alavés y en 2020 por el Alhama de Murcia. Por su parte, Edurne Burgoa fue entrenadora del equipo femenino Athletic Club B. Además, en los últimos años sigue como entrenador en el Aurrera de Ondarroa.